Mükelleflere ait elektronik faturaların yine mükelleflere ait bilgi işlem sistemlerinde saklanması esas olup üçüncü kişiler nezdinde de elektronik saklama yapılabilecektir. Başka mükelleflerden elektronik saklama hizmetinin alınması mükelleflerin elektronik faturalarının muhafaza ve ibraz sorumluluğunu ortadan kaldırmaz.

Elektronik Fatura Saklama Hizmeti verecek mükelleflerin Başkanlığa “Elektronik Fatura Saklama Hizmeti Başvuru Formu ve Taahhütnamesi” (ulaşmak için tıklayınız.) ile başvuru yaparak saklama izni almaları zorunludur. Bu amaçla başvuru yapacak mükelleflerin başvuru dilekçesi ekinde Bilgi İşlem Sistem Raporunu (BİS) göndermesi gerekmektedir. Başka mükelleflere ait elektronik faturaları saklama hizmeti verenler elektronik fatura uygulamasını bilgi işlem sistemlerinin entegrasyonu yöntemiyle kullanmak zorundadır.

Elektronik faturaların muhafazasının Türkiye Cumhuriyeti sınırları içerisinde ve Türkiye Cumhuriyeti Kanunlarının geçerli olduğu yerlerde yapılması zorunludur. Bu zorunluluk yurt dışında ikincil bir arşivleme yapılmasına engel teşkil etmez.

Gerekli görülen durumlarda, elektronik fatura saklama hizmeti verenlerden elektronik fatura bilgilerine ilişkin olarak belirlenecek standartlara uygun üretilecek raporların ibrazı, elektronik fatura saklama hizmeti verenlere ait bilgi işlem sistem veya sistemlerine sürekli erişimin sağlanması sureti ile istenebilir.